W Arboretum założono szereg powierzchni zachowawczych ex situ gatunków zagrożonych i chronionych, które docelowo posłużą do propagacji roślin na potrzeby programów restytucji.

Na terenie powierzchni zachowawczych zabezpieczono zasoby genowe rzadkich drzew i krzewów, wśród których największe znaczenie mają:

- Sosna drzewokosa (Pinus x rhaetica Brugger) – pochodzenie: Park Narodowy Gór Stołowych.

- Sosna limba (Pinus cembra L.) – pochodzenie: Tatrzański Park Narodowy.

- Cis pospolity (Taxus baccata L.) – pochodzenie: Sudety.

- Jarząb brekinia (Sorbus torminalis (L.) Crantz) – pochodzenie: Piaski.

- Jarząb szwedzki – (Sorbus intermedia (Ehrh.) Pers) – pochodzenie: Pomorze.

- Woskownica europejska (Myrica gale L.) – pochodzenie: Pomorze (Nadleśnictwo Rokita).

W Arboretum znajdują się również powierzchnie o charakterze zarejestrowanych źródeł nasion nie objętych ochroną, ale niezwykle cennych przyrodniczo – rodzimych gatunków biocenotycznych:

- Czereśnia ptasia (Prunus avium L.)

- Jabłoń płonka (Malus sylvestris (L.) Mill)

- Topola biała (Populus alba L.)

- Topola czarna (Populus nigra L.)